O movimento para criação de um hospital em Laguna começou em meados do Século XIX. Os primeiros documentos datam de 1855, demonstrando intensa atividade de pessoas influentes, com o objetivo de dotarem a cidade de uma casa de saúde. O fruto deste trabalho surge oficialmente em 04/04/1855, quando o Presidente da Província de Santa Catarina sancionou lei autorizando a criação do primeiro hospital do Sul do Estado, denominado São Francisco de Assis.

O termo de abertura do primeiro livro de atas data de 28/09/1855. Os membros da primeira comissão eram: Pedro Francisco da Silva (provedor), Jerônimo Coelho Neto, Antônio José da Silva, João Pacheco dos Reis (mordomo), João José da Silva Guimarães, José Francisco da Silva Pinto, José Antônio Fernandes Viana e Joaquim José Mendes Braga. A primeira reunião tratou das providências necessárias para urgente instalação de um hospital provisório, já que havia ameaça de cólera. A solicitação de recursos ao Presidente da Província foi uma das estratégias propostas. A comissão começou a coleta de fundos entre a população, notadamente entre comerciantes e donos de embarcações.

Em março/1856, a comissão alugou um depósito na Ponta do Bairro Magalhães. As ruínas ainda podem ser vistas, ao lado do Colégio “Stella Maris”. Para administrar a casa, devendo nela residir, foi contratado Alexandre José Mendes. O prédio já era velho, tendo o hospital ai funcionado durante dezesseis anos, procurando sua administração mantê-lo com higiene e conforto, apesar da falta de recursos. Tinha capacidade para dez doentes de cada sexo e, em casos excepcionais, quinze. O público-alvo eram os marinheiros não residentes em Laguna, os escravos e os pobres. Em 1858, houve epidemia de varíola e o improvisado hospital ficou superlotado. Sua primeira equipe era formada pelo médico Antônio Fernando da Costa, enfermeiros Joaquim de Souza Freitas e Luíza Maria de Moraes e pelo cozinheiro Luiz Fortunato José da Silva, que viria a ser demitido logo a seguir.

Em 1868, para economia, a diretoria dispensou o cozinheiro, já que o movimento era pequeno e a escrava doada ao hospital podia desempenhar o trabalho, apesar da idade avançada. Neste momento, a direção aceitou os serviços gratuitos do Dr. Francisco José Luiz Viana. Em 1870, o médico desentendeu-se com o grupo e deixou de prestar atendimento. Por alguns meses, tratou dos doentes Dr. Joaquim dos Remédios Monteiro. Em março/1871, mudou-se para a Corte e, não havendo quem lhe substituísse e também pela falta de recursos, o hospital foi fechado pela primeira vez. Em meados de 1872, o hospital é reaberto. Em 1874, importante fonte de recursos foi retirada da instituição, quando o governo extinguiu a cobrança das taxas sobre marinheiros e sobre a tonelagem dos navios, que revertiam em favor do hospital.

Em 1875, foram assistidos pelo estabelecimento cinqüenta e dois doentes, dos quais sete faleceram. Há um ano, o governo não pagava a subvenção anual de dois contos de réis. Sem recursos e considerando que havia apenas dois doentes internados, a comissão fechou o hospital novamente, em 15/05/1877. Em agosto do mesmo ano, melhoradas as condições financeiras, ele tornou a abrir. Foi convidado a tratar dos doentes o farmacêutico Manoel Gonçalves da Costa Barreiros, já que o médico existente na cidade (Dr. Viana) recusava-se a ali prestar atendimento. Decorridos alguns meses, o médico Aristides Cajueiro de Campos veio residir na cidade, passando a atender no hospital.

A comissão já vinha há tempos estudando uma maneira de construir um hospital novo. Como já possuía terreno em local favorável, começou, com muita disposição, campanha de arrecadação de recursos para iniciar a obra. A Irmandade Senhor Bom Jesus dos Passos, à qual pertenciam quase todos os membros da diretoria, teve papel decisivo nesta iniciativa.

A participação do Tenente- Coronel Joaquim Pinto D’Ulysséa, do professor e jornalista Prezalino Lery Santos e do juiz municipal Francisco Izidro Rodrigues da Costa foi de fundamental importância. Diversas propriedades da Laguna e região, pertencentes à Irmandade, foram vendidas em prol da construção, assim como os lucros provenientes das festividades em honra ao Senhor dos Passos. Como a instituição era praticamente mantida pela Irmandade, foi solicitado ao Governo da Província a troca do nome do hospital, o que foi aprovado pela Lei No. 1.017, de 10/05/1883.

A pedra fundamental do hospital a ser construído no Morro da Figueirinha foi colocada em 08/09/1879. A cerimônia, que deveria ter sido realizada na véspera, foi transferida em função do mau tempo. O vigário da Paróquia Santo Antônio, Manoel João Luiz da Silva, oficializou a bênção. A pedra foi colocada no ângulo sul, juntamente com uma caixa de madeira contendo outra de zinco, onde foram depositadas cópias da ata da solenidade e dos discursos das autoridades, exemplares dos jornais “O Município” e “A Verdade” e moedas de diversos valores.

Somente em 04/09/1884, a direção do hospital recebeu as chaves de parte do edifício. A bênção da capela e da ala sul foi ministrada pelo vigário de Jaguaruna, Pe. Miguel Pizzio, já que o da Laguna estava ausente. No dia seguinte, efetuou-se a transferência dos doentes do velho prédio alugado para a nova construção. A ala inaugurada tinha uma enfermaria com dez leitos e mais cinco quartos.

Antes disso, por volta de 1882, o Hospital São Francisco de Assis teve que enfrentar epidemia de varíola. O governo provincial propôs o pagamento de quatro mil réis por doente tratado. O farmacêutico Manoel Gonçalves da Costa Barreiros, que fazia as vezes de médico, aceitou tratar dos variolosos, desde que “os lucros fossem divididos em duas partes iguais, uma para ele e outra para o hospital”. A proposta foi aceita e em três meses a epidemia foi extinta. Em outubro/1883, o médico Luiz França Carlos da Fonseca foi contratado.

Em janeiro/1885, já no novo prédio, grupo de senhoras promoveu bazar beneficente para dourar a capela. Em abril, o provedor comunicou que, há dois anos, o governo provincial não pagava a subvenção devida ao hospital. Por conta disso, a capacidade de atendimento foi reduzida a três ou quatro doentes. No mesmo mês, foi demitido o procurador da comissão, João José de Andrade, “porque se negou a tomar as providências para enterramento de um homem falecido no hospital”, o que era sua obrigação. Em 06/08/1885, após autorização do bispo do Rio de Janeiro, a quem a Paróquia da Laguna estava subordinada, a imagem do Senhor dos Passos foi transferida para a capela do hospital.

Em janeiro/1887, para atrair mais doentes, a comissão baixou as diárias de três para dois mil réis. Em julho, como os recursos eram escassos, foi reduzida a capacidade de atendimento para dois doentes e baixados os ordenados. Em março/1888, após pedido de demissão do Dr. Rego Barros, Dr. Ismael Pinto Ulysséa aceitou o cargo de médico do hospital. A ala norte só foi inaugurada em 1903, com as mesmas dimensões e capacidade da ala sul, ocupada desde 1884. A ala norte (que, do prédio antigo, é a única que ainda existe), ficou reservada às mulheres e a sul, aos homens.

A dedicação e o esforço da Irmandade Senhor Bom Jesus dos Passos são recordados com admiração e gratidão, durante estes anos difíceis. A entidade desfazia-se dos bens que a devoção do povo legava ao Senhor dos Passos e empregava os valores apurados na manutenção da instituição e atendimento aos indigentes.

Em 1913, por insistência da Irmandade Senhor Bom Jesus dos Passos, as Irmãs da Congregação da Divina Providência assumiram a direção interna do hospital. A alimentação era quase toda produzida por elas – criavam suínos e aves e plantavam verduras e legumes. Naturalmente, estas atividades, além do atendimento de enfermagem, muito favoreceram a economia do estabelecimento e o acesso de número ainda maior de doentes. Somente nesta época é que foi instalada luz elétrica na casa.

Pelos anos de 1914/15, Dr. Aurélio Rótolo (pai) passou a atender no hospital. Em 1918, a cidade foi atingida pela “gripe espanhola” – registrados cerca de três mil casos, com 130 óbitos. Como o hospital não tinha condições de atender a toda esta demanda, diversas entidades resolveram ajudar nos trabalhos de assistência às vítimas, notadamente a Loja Maçônica Fraternidade Lagunense e a primeira Escola de Escotismo da Laguna, chefiado por Renê Rollin, que viria a morrer vitimado pela gripe.

O número sempre crescente de indigentes provenientes de todo o Sul do Estado, atendidos gratuitamente, acabou sobrecarregando de tal maneira o orçamento do hospital, que a situação se tornou insustentável. Nos anos 20, as dificuldades chegaram a tal ponto, que a diretoria apelou ao Estado, pedindo urgente auxílio para não ter que fechar as portas. O Estado aceitou o pedido, em troca do direito de nomear a comissão administrativa, o que aconteceu durante muitos anos. Nos primeiros cinqüenta anos do Século XX, a instituição pouco progrediu. As instalações internas eram muito deficientes. Basta lembrar que, em 1950, ainda não havia água encanada nos quartos.

Em 1930, Dr. Aurélio Rótolo pediu demissão, sendo substituído pelo Dr. Osvaldo Espíndola. Desde 1931, era Dr. Paulo Carneiro o médico do hospital. Em 1945, é a vez do pediatra Dr. Pedro Advíncula Torres de Miranda ser admitido. Em 1951, Dr. Aurélio Pinho Rótolo iniciou suas atividades. Neste mesmo ano, a diretoria fez veemente apelo à Prefeitura, solicitando a subvenção que não era paga há três anos.

Em 1954, foi melhorada a Lavanderia, com a aquisição de uma máquina de lavar roupas e, em 1955, é inaugurada a Maternidade. Com dez quartos, seu movimento permitiu a aquisição, em 1956, de mais duas máquinas de lavar e de uma incubadora. Em 1959, é inaugurada a atual capela. Em 1960, Dr. Aurélio arrendou ao hospital seu aparelho de Raio – X, mais tarde, a aparelhagem foi adquirida pela instituição.

Em 1961, Antônio Sebastião Teixeira e Adelino Waterkemper passaram a integrar a diretoria. Profunda cisterna foi construída e, em 1963, é adquirido gerador de luz. Em 1968, foi inaugurada a ala direita do hospital, com três pavimentos. Antônio Teixeira e Irmã Adriana muito se empenharam para o êxito do empreendimento. As demais alas do prédio atual, incluindo o anexo, também com cinco andares, somente seriam inauguradas nos anos 80, sempre sob a coordenação do Sr. Teixeira.

Em 1979, as Irmãs da Congregação da Divina Providência são retiradas. Em seu lugar, assumem as Irmãs da Associação da Fraternidade e Esperança, que ali permaneceram até 1983. Em 1985, vieram as Irmãs Salvatorianas, que sairiam em 1991, assumindo a direção a própria Irmandade.

Em 2003, por determinação do Ministério Público, através de termo de ajustamento de conduta, o hospital foi transformado em associação, passando a ser administrado por comissão formada por associados contribuintes e natos (representantes da Irmandade, Prefeitura, Câmara de Vereadores e Secretaria de Estado de Desenvolvimento Regional), modelo de gestão ainda vigente.